Борис Михайлович первостепенное значение придавал изучению марксистско-ленинской теории, овладению марксистско-ленинским методом, умению пользоваться этим методом в научной и практической работе. «Для меня ясно, — говорил он, — что вести научную работу, не владея методом марксизма-ленинизма, невозможно; только на базе этого метода можно идти вперед и развивать военную науку».
В руководящей и направляющей роли Коммунистической партии Б.М. Шапошников видел главный источник всех настоящих и грядущих успехов Советских Вооруженных Сил, их командных и политических кадров. «Я с 1918 года всегда работал под руководством партии и по ее заданиям», — подчеркивал Борис Михайлович, выступая в комиссии по чистке партии в декабре 1933 года. Товарищи, выступавшие в прениях в этой комиссии по кандидатуре Б.М. Шапошникова, заявляли: «Борис Михайлович пришел в партию под влиянием серьезных внутренних убеждений… Беспредельно предан делу рабочих и партии. За год пребывания в Приволжском военном округе переродил весь округ. Многоумеющий и многознающий…»
Заключая прения, председатель комиссии по чистке сказал: «Я считаю, что если и впредь вы будете работать так же, то будете самым достойным членом партии». Одно лишь замечание было сделано тогда Борису Михайловичу — больше следить за своим здоровьем: «Вы мало бережете себя. Вам надо работать так, чтобы не надорваться».
Комиссия по партийной чистке признала Бориса Михайловича достойным членом ленинской партии.
По долгу своей службы Б.М. Шапошников постоянно уделял огромное внимание всемерному укреплению боевой готовности Советских Вооруженных Сил. Одним из основных условий успешного решения этой задачи он считал совершенствование работы органов управления войсками.
Он акцентировал внимание на необходимости постоянного улучшения штабной службы. Штабная работа, говорил он, должна помогать командиру организовывать бой; штаб — первейший орган, с помощью которого командир проводит в жизнь свои решения. Штабной работник, подчеркивал Борис Михайлович, — это тот же строевой командир, который по нашим уставам остается заместителем командира в случае его убыли. Это не есть какой-то особой породы человек, который с пером за ухом, как раньше рисовали на картинках, четко выводил решения на хорошей бумаге. В современных условиях без четко сколоченного штаба нельзя думать о хорошем управлении войсками.
Штаб РККА Б.М. Шапошников возглавлял три года. За это время он сумел сделать многое для упорядочения штабной службы в войсках, по-новому организовать мобилизационную работу и в самом штабе и в военных округах.
Однако довести до конца намеченную реорганизацию Штаба РККА ему не удалось: в апреле 1931 года Борис Михайлович назначен командующим Приволжским военным округом. Здесь с новой силой проявились его талант и организаторские способности. В округе он наладил планомерную боевую и политическую учебу личного состава, повысил качество оперативной подготовки командного состава, укрепил воинскую дисциплину.
Борис Михайлович постоянно обращался к неиссякаемой сокровищнице марксизма-ленинизма, черпая в ней творческое вдохновение для органического сочетания боевой, оперативной подготовки и политического воспитания воинов Страны Советов. Выступая в январе 1932 года с докладом на X партийной конференции Приволжского военного округа, Б.М. Шапошников подчеркнул особую важность партийно-политической работы в войсках. «Современные условия войны вообще, операции нашей Красной Армии, закаленной в гражданской войне, — говорил Борис Михайлович, — показывают со всей очевидностью, что без надлежащей политической работы, соответствующей современным требованиям, без марксистско-ленинского воспитания нашей армии, а в особенности ее начсостава, мы не достигнем тех успехов, которых ждут от нее трудящиеся Советского Союза и всего мира».
В том же докладе Б.М. Шапошников отмечал выдающуюся роль Маркса, Энгельса и Ленина в развитии военной теории, революционной стратегии и тактики. Маркс и Энгельс, сказал он, много занимались военным вопросом. «Тов. Ленин, — заявил Борис Михайлович, — также внимательно изучал вопрос о войне. Во время Гражданской войны Ленин направлял и сам развивал нашу советскую военную мысль, он сплошь и рядом сам был полководцем, указывая, что нужно сделать для выполнения того или иного стратегического плана. Тов. Ленин прямо говорил, что война есть продолжение той политики, которую ведет данный класс. Мы с вами являемся классом пролетариата, и у нас должна быть соответствующая научная мысль и соответствующая научная теория. У нас должна быть своя революционная стратегия и своя революционная тактика».
Приволжским военным округом Б.М. Шапошников командовал менее года. Партия и правительство поручали ему новый важный пост — пост начальника и комиссара Военной академии имени М.В. Фрунзе. В его жизни и службе наступил период, имевший большое значение в последующей работе Бориса Михайловича. За три с половиной года, в течение которых он руководил академией, проделана весьма плодотворная работа. Существенно улучшен учебный процесс в академии, учебные программы приведены в соответствие с требованиями технической реконструкции Красной Армии. Значительно повышено качество учебных пособий, усовершенствована методика преподавания. Ведущей дисциплиной стала оперативно-тактическая подготовка слушателей академии. На более высокую ступень была поднята научно-исследовательская работа кафедр. Профессорско-преподавательский состав академии был пополнен людьми, обладающими опытом командования воинскими соединениями и частями в новых условиях.